Josef Kugler wurde am 15. Januar 1867 in Neuhaus/Nittenau in der Oberpfalz geboren. Sein Vater war Landwirt und Hufschmied. Josef machte eine Lehre zum Bauschlosser in München. Dabei erlitt er eine Beinverletzung, an der er sein Leben lang zu leiden hatte. Er zog zu seiner Schwester nach Reichenbach und arbeitete dort in der Schmiedewerkstatt seines Schwagers. Da in der Reichenbacher Kirche nur unregelmäßig Gottesdienste gefeiert wurden, betete Josef Kugler am Sonntagnachmittag den Rosenkranz vor, weshalb er bald den Spitznamen „Klostersepp“ erhielt.
Als im Jahr 1890 die Barmherzigen Brüder das Kloster Reichenbach übernahmen und dort ein Pflegeheim für Menschen mit geistiger Behinderung einrichteten, war Josef Kugler zusammen mit anderen Handwerkern an den Renovierungsarbeiten beteiligt. Er hatte dabei auch Gelegenheit, den Orden näher kennenzulernen. Das Leben der Barmherzigen Brüder beeindruckte ihn und so trat er im Januar 1893 in die Ordensgemeinschaft ein und erhielt den Ordensnamen Eustachius.
Nach seiner Profess im Jahr 1898 war er in mehreren Häusern des Ordens tätig, bald auch in leitender Funktion. Im Jahr 1925 wurde er zum Provinzial der Bayerischen Ordensprovinz gewählt. Als seine größte Leistung kann der Bau des Krankenhauses der Barmherzigen Brüder in Regensburg bezeichnet werden. Mit unermüdlichem Eifer und unerschütterlichem Gottvertrauen gelang es ihm, die Finanzierung zu sichern und das Bauvorhaben durchzuführen.
Ich habe die Sache mit meinem Herrgott ausgemacht. Es wird nichts fehlen!
Im Jahr 1930 konnte das Krankenhaus der Barmherzigen Brüder in Regensburg eingeweiht werden. Es galt damals als eines der modernsten Krankenhäuser Deutschlands und hat bis heute nichts an seiner Bedeutung verloren.
In der Zeit des Nationalsozialismus hatte die Gemeinschaft der Barmherzigen Brüder starke Repressalien zu erdulden und Eustachius Kugler wurde als Oberer schwer bedrängt. Die sogenannte „Vernichtung lebensunwerten Lebens“ durch die Nazis traf ins Herz des Ordens, der sich besonders der behinderten Menschen annahm und diese betreute. Eustachius Kugler half, wo er konnte und versuchte zu verhindern, was zu verhindern war. Er musste dreißig mehrstündige Verhöre durch die Gestapo über sich ergehen lassen, in denen er sich als „kraftvoller Zeuge Christi“ zeigte.
Nach dem Krieg wurde bei Eustachius Kugler ein schweres Krebsleiden sichtbar. Am 10. Juni 1946 starb er im Regensburger Krankenhaus der Barmherzigen Brüder. Seine Verehrung breitete sich rasch aus. Seit 1982 ruhen seine sterblichen Überreste in einer Seitenkapelle der Krankenhauskirche St. Pius in Regensburg. Am 4. Oktober 2009 wurde er im Hohen Dom zu Regensburg seliggesprochen.