Bonaventura ist neben Thomas von Aquin der bedeutendste Gelehrte seiner Zeit. Viele theologische Werke zeugen von dieser Fähigkeit des Heiligen, den man auch „Doctor seraphicus“, den „seraphischen Lehrer“, nennt. Theologie und Glaube stehen für Bonaventura in einem untrennbaren Zusammenhang. Ohne den Glauben ist es seiner Meinung nach nicht möglich, Theologie zu betreiben oder die Heilige Schrift zu verstehen. Das Studium der Theologie aber dient dazu, den Glauben vertiefen:
Die theologische Beschäftigung mit dem Glaubensgut schenkt denen, die im Glauben vollendet sind, eine tiefe Freude. Denn auf wunderbare Weise wird die Seele erfreut, wenn sie einsehen darf, was sie bereits vollkommen glaubt.
Grundlage allen Glaubens und aller Theologie ist die Vereinigung mit dem gekreuzigten Herrn. Man erzählt, dass Thomas von Aquin ihn einmal besucht habe und danach fragte, wo seine Bibliothek sei, aus der er sich so große Kenntnisse erworben habe. Bonaventura zog einen Vorhang zurück und deutete auf den gekreuzigten Christus. Im Vorwort seiner um das Jahr 1260 entstandenen Schrift „Baum des Lebens“ (Lignum Vitae) schreibt er:
„Mit Christus bin ich gekreuzigt“ (Gal 2,19). – Wer wahrhaft Gott verehrt und Christi Jünger ist, und daher sich von Herzen danach sehnt, dem Erlöser aller, dem für ihn Gekreuzigten, ganz und gar gleichgestaltet zu werden, der muss vor allem auf eines die Aufmerksamkeit seines Geistes richten: das Kreuz Christi Jesu beständig zu tragen, geistig wie leiblich, bis er das zitierte Wort des Apostels wahrhaftig in sich selbst zu empfinden vermag.