Johann Schwingshackl wurde am 4. Mai 1887 in Welsberg/Südtirol geboren und wuchs in einer religiös geprägten Bergbauernfamilie auf. Acht der zwölf Kinder ergriffen geistliche Berufe. Als Zehnjähriger bat er den Vater, studieren gehen zu dürfen, doch dieser soll seinen Wunsch abgelehnt haben mit den Worten: „Aus dir wird doch nur ein Lump!“ Später sieht Schwingshackl darin das Eingreifen der göttlichen Vorsehung: „Ich glaube nämlich nicht, dass ich am Priesterberuf festgehalten hätte, wenn ich damals als Knabe die Studien begonnen hätte.“ So arbeitete er als Knecht auf dem Hof der Eltern, bis er endlich als 22-jähriger das Mittelschulstudium beginnen konnte.
Im Ersten Weltkrieg kämpfte er bei den Tiroler Kaiserjägern und gelangte nach seiner Verwundung vier Jahre in russische Kriegsgefangenschaft. Diese harte Zeit in sibirischen Lagern sollte seine Gesundheit ruinieren. Er lernte dort aber auch den Juden Aaron Eisen kennen, mit dem er viele religiöse Gespräche führte, was ihn im Umgang mit Andersgläubigen viel toleranter und einsichtsvoller machte. Er sagt später selbst: „Das war für mich ein großer Nutzen. Ich war zu eng.“
Nach seiner Heimkehr trat er Anfang 1919 in St. Andrä im Lavanttal bei den Jesuiten ein. Sein Vater war davon nicht begeistert: „Ausgerechnet bei den Jesuiten, die immer eine Zielscheibe der Verfolgung sind“, sagte er. Doch Johann entgegnete: „Gerade deshalb!“ Nach Studien in Innsbruck und Krakau und wurde er 1924 zum Priester geweiht. Um seine Lungenerkrankung auszukurieren, musste er längere Zeit zuhause verbringen, war dann zunächst am Canisianum in Innsbruck tätig, wurde 1931 Novizenmeister, 1933 nach seinem sehnlichsten Wunsch Volksmissionar, 1936 aber als Novizenmeister zu den Missionsschwestern von „Regina Apostolorum” in Straßhof in Niederösterreich versetzt.
Aus seinem Widerwillen dem Nazi-Regime gegenüber machte er von Anfang an keinen Hehl. „Kein Wort zu viel, aber auch keines zu wenig!“, lautete seine Devise. Er wollte angesichts der Zeitumstände „recht handeln – nie unklug, aber ja nie feige!“ Als er 1938 Kirchenrektor an St. Martin in Wien wurde, begann er mit seinen unerschrockenen Predigten gegenüber dem Nationalsozialismus. Aus Furcht vor den Übergriffen der Nazis versetzte ihn der Orden 1941 nach Bad Schallerbach bei Wels. Der Provinzial der Jesuiten ermahnte ihn „alle unangebrachte Kritik, auch die Kritik an weltlichen und kirchlichen Personen, auf der Kanzel und im Privatgespräch zu unterlassen“. Doch P. Schwingshackl konnte nicht schweigen. „Ich will kein stummer Hund gewesen sein in heutiger Zeit“, sagte er.
Im Februar 1944 wurde P. Schwingshackl verhaftet. Er sieht es als Ehre an, denn „man muss heute schon fast ein schlechtes Gewissen haben, wenn man bei diesem Regime noch nicht eingesperrt ist.“ Bei der Verhaftung fiel der Gestapo auch ein Brief an den Provinzial in die Hände, in dem P. Schwingshackl das Nazi-Regime scharf kritisiert. Dieser gab den Ausschlag dafür, dass der Volksgerichtshofpräsident Roland Freisler schließlich am 16. Dezember 1944 das Todesurteil wegen „Wehrkraftzersetzung“ verhängte. In seinem Abschiedsbrief schreibt er:
„Klar hat die Untersuchung, besonders aber die Art der Verurteilung gezeigt, dass ich nur für die Sache Christi sterbe… Den Priestersegen gebe ich Euch täglich, oft mit gefesselten Händen.“
Noch vor der Vollstreckung des Todesurteils starb P. Johann Schwingshackl in der Nacht vom 27. auf den 28. Februar 1945 in seiner Gefängniszelle in München-Stadelheim. Johann Schwingshackl wurde zunächst auf dem Perlacher Friedhof in München bestattet, 1946 wurde er auf den Jesuiten-Friedhof in München-Pullach überführt. Seit dem 13. Juni 1985 befindet sich sein Grab in der Gruft der Jesuitenkirche in Innsbruck.